但是，在实施的过程中，也可能出现一方或双方不履行协议的情况。为此，应视情况采取相应的措施:一是下级政府不履行减排行政协议的情况。现实中，地方政府为了本地区经济发展，有可能突破减排目标的要求，不履行协议中约定的减排责任。对这种情况的处理不同于行政命令，上级政府不能采取直接的行政制裁。但是，上级政府可以根据减排协议的约定，采取取消上级政府对下级政府的财政援助等方法。同时，要求其继续履行约定的减排责任；二是上级政府不履行减排行政协议的情况。现实中，由于财力问题，上级政府可能无法及时按照协议的约定向下级政府进行财政援助。对此，下级政府应积极创造条件，履行自己承担的减排目标责任，并可要求上级政府事后进行补偿。