历史进程
美国:美国对排污许可证制度的探索开始得比较早。1970年，美国制定了废物排放许可证计划，开始了对排污许可证制度的探索。
1977年，美国对《联邦水污染控制法修正案》再次进行了修订，并形成了现今的《水清洁法》。此法第四百零二条规定:任何人从一个点源排放任何污染物进入美国的水域，必须获得“国家污染物排放清除系统”许可证(以下简称NPDES许可证)，否则即属于违法。
从法律效力来看，NPDES许可证制度的法律依据为联邦法律。
中国:我国的排污许可证制度比美国晚了十多年。自1987年开始，我国先后在一些城市组织开展了水和大气排污许可证制度试点，对排污许可证这一基本的环境管理制度进行初探。
1988年3月，原国家环保局制定了《水污染物排放许可证管理暂行办法》，并在其中首次把排污许可证制度单独作为一章来规定。1989年颁布的《环境保护法》未将排污许可证制度作为基本制度。2000年，国务院修订发布的《水污染防治法实施细则》第十条虽然明确规定，地方环保部门根据总量控制实施方案，发放水污染物排放许可证，但未规定具体的实施细则。至今，《排污许可证条例》仍未出台。
核发主体
美国:NPDES许可证由美国环保局或批准排污许可证计划的州给每个排污者颁发。
中国:发放排污许可证的发放主体目前还没有具体统一起来。根据《水污染防治法》第二十条及《水污染防治法实施细则》第十条的规定，排污许可证的发证机关为地方各级环保部门；根据《大气污染防治法》第十五条第二款规定，发证机关为地方各级人民政府。
颁发目的
美国:颁发NPDES许可证是为了保证排放源在限期内达到出水限度和出水标准。
中国:我国排污许可证制度是为了控制污染物排放总量，确保排放源在限期内达到污染物总量削减目标。
种类及内容
美国:NPDES许可证分为两种:一般许可证和个别许可证。美国环保局根据排污设施的排放性质、类型、排放水体的水质要求等因素来决定颁发何种类型的许可证。
NPDES许可证的内容包括排放标准、排放总量、监测要求、数据记录和报告。
中国:我国目前的排污许可证有的是水污染物排放许可证，有的则将水、大气、噪声、固废等纳入同一张排污许可证。排污许可证以正本和附件的形式颁发，许可证的内容包括排放去向、执行标准、排放量、浓度限值、处理工艺等。
保障机制
美国:美国《清洁水法》规定，对于被许可人违反NPDES许可证的行为，美国环保局和被授权的州可以做出行政命令、行政处罚和提起诉讼。对于不履行行政命令以及行政处罚者，执法机构有权向联邦地方法院提起民事和刑事诉讼。法院对每件违法行为可处以每天最高2.5万美元的民事罚款。
中国:我国对违反排污许可证制度行为的处罚力度相对较轻。例如，吊销排污许可证、限期治理等。目前一些地方针对排污许可证制定的地方法规中，有相关处罚规定，但处罚额度较低。
