《规划》提出，到2015年，海岸基本功能区海域水质达到或优于二类水质标准的面积达90％以上，维持近海基本功能区及西、南、中沙海域水质的优良状况。直排海工业企业和城镇污水集中处理厂污水排放达标率达到98％，城镇生活污水处理率和生活垃圾无害化处理率分别达到80％和90％。

　　《规划》同时提出，保护红树林、珊瑚礁、海草床等典型热带海洋生态系统，基本维持海洋保护区总数不变，保持红树林、珊瑚礁、海草床的面积不低于现状值。

　　《规划》要求，加强陆源和海域污染控制、海洋保护区建设及生态恢复，强化海岸、海湾、河口环境综合整治，重点保护珊瑚礁、红树林、海草床等典型热带海洋生态系统。

　　在海洋生态保护与恢复方面，《规划》提出，科学规划海洋保护区布局，到2020年全省海洋保护区总数达到21个。

　　《规划》特别要求，加强对西、南、中沙海域岛礁的生态保护，重点保护海岛岛体、海岛自然资源和海岛生态系统。防止海岛岸线侵蚀，稳固海岛形态，对受侵蚀、面积缩小的岛礁通过必要的工程措施增加岛礁陆域面积；加强海岛特殊地貌、特殊自然景观、海岛沙滩等海岛资源的保护；加强海岛植被完整性和生物多样性保护。