《区划》分为两级体系。一级水功能区分四类，即保护区、保留区、开发利用区、缓冲区。二级区划在一级区划的开发利用区内，细化水域使用功能类型及功能排序，协调不同用水行业间的关系，二级水功能区具体划分为饮用水源区、工业用水区、农业用水区、渔业用水区、景观娱乐用水区、过渡区、排污控制区七类。

　　《区划》共划分全国重要江河湖泊一级水功能区2888个，区划河长17.8万千米，区划湖库面积4.3万平方千米。二级水功能区2738个，区划长度7.2万千米，区划面积6800平方千米。全国一、二级水功能区合并总计为4493个(开发利用区不重复统计)，81％的水功能区水质目标确定为Ⅲ类或优于Ⅲ类。

　　国务院在《区划》的批复中明确提出，力争到2020年水功能区水质达标率达到80％，到2030年水质基本达标。