《方案》确定了海南省“十二五”主要污染物排放总量控制目标:到2015年，全省工业源、农业源和生活源化学需氧量排放总量控制在20.4万吨以内；全省工业源、农业源和生活源氨氮排放总量控制在2.29万吨以内；全省二氧化硫排放总量控制在4.2万吨以内；全省氮氧化物排放总量控制在9.8万吨以内。

　　《方案》提出，到2015年，全省列入国控、省控重点污染源的工业企业废水要实施深度治理，排放达标率达到97％；全省新增污水日处理能力77.1万吨，新建配套管网1388公里；全省“十一五”期间建成的城镇污水处理厂运行负荷率不低于80％、“十二五”期间建成的不低于60％，全省城镇污水处理率达到80％以上，再生水回用率达到5％以上，污水处理厂污泥无害化处理处置率达到50％以上；全省畜禽养殖场规模化养殖率要达到65％以上，基本实现农业养殖污染集中治理，废弃物资源化利用。