会议针对九湖的特点，提出了下一阶段污染综合防治的重点。

　　滇池是国家治理的重点湖泊和云南省治理的首要湖泊。会议要求，重点解决城市生活污染、农业农村面源污染、工业污染和内源污染问题，力争成为国家“三河三湖”治理的典范。

　　抚仙湖、泸沽湖为重点保护型湖泊。会议要求，重点解决抚仙湖北岸城镇生活污染、农业农村面源污染问题和泸沽湖旅游污染、农业农村面源污染问题。

　　洱海、程海、阳宗海为云南省预防型湖泊。会议提出，洱海流域要重点解决奶牛养殖污染、农业农村面源污染问题，程海流域要重点解决水土流失、农业农村面源污染问题，阳宗海流域要重点解决工业污染、砷污染问题。

　　异龙湖、杞麓湖、星云湖为重点治理型湖泊。会议要求，异龙湖重点解决水产养殖污染、城镇污染、豆腐加工污染、农业农村面源污染问题；星云湖流域重点解决仔猪养殖污染、城镇生活、农业农村面源污染；杞麓湖流域重点解决蔬菜种植污染、城镇生活污染问题。